Mission Afrika blev stiftet i 1911 under navnet Dansk Forenet Sudan Mission; en selvstændig gren af den internationale organisation Sudan United Mission. I 2008 ændrede organisationen navn til det nuværende.
LCCN, Kristi Lutherske Kirke i Nigeria, er Mission Afrikas første partner og har derfor en helt særlig plads i missionsorganisationens historie og hjerte.
Historien begyndte, da den danske lægemissionær Niels Høegh Brønnum sammen med hustruen Margaret Brønnum og sygeplejersken Dagmar Rose i 1913 blev udsendt fra Dansk Forenet Sudan Mission for at udøve missionsarbejde i Nigeria.
Brønnum opfattede lægemission som en integreret del af missionsarbejdet og lægemissionæren som læge og forkynder under ét. Denne forståelse af mission lever fortsat i Mission Afrika under betegnelsen “holistisk missionssyn”.
En kirke blev født
Brønnums missionsindsats i Nigeria bar frugt.
Den første dåb fandt sted i 1917, den første menighed af 15 mennesker kunne dannes i 1921, det første fællesmøde af repræsentanter fra forskellige menigheder afholdtes i 1927, og den første ordination af nigerianske præster fandt sted i 1948.
I 1954 kunne en selvstændig luthersk kirke (LCCN) endelig etableres; en kirke, hvor prædiken af evangeliet i tråd med Brønnums missions-vision gik hånd i hånd med socialt og diakonalt arbejde.

I dag er LCCN den største kristne kirke i Adamawa State, Nigeria, og på landsplan har kirken flere end to millioner medlemmer.
Mission og evangelisation ligger kirken stærkt på sinde og hvert af de ni stifter udsender egne missionærer/evangelister til at plante og tilse menigheder i fattige yderområder i landet. Især mod nordvest, med udgangspunkt i Kontagora-området, udvides kirken helt ind i stærkt islam-dominerede områder. Mission Afrika støtter direkte og indirekte over 100 af disse lokale udsendinge.